免疫学研究所历史已逾半个世纪，属校内成立最早的基层教学与科研组织之一。1946年，由永利医学系“细菌科”筹备成立微生物学教研室，当时教师仅有沈彤笙、王文义、梁大伟三位教师，采用油印的由王文义教授主编的微生物学教材，这是我国西北地区医学微生物学和免疫学教学的开始。王文义教授是我国著名微生物学专家、二级教授、全国政协第四、五届全国委员。1950年增加车鸿德、邵明德二位技术人员，1951年赵紫绡老师来校任教，1953年刘文老师、王良明老师来校任教，1954年，永利的医学系独立建院为兰州医学院，教研室命名为“兰州医学院微生物学教研室”。2000年更名免疫学与微生物学教研室，2004年随着兰州医学院并入永利，将医学微生物学课程从教研室分出并入病原生物学研究所，教研室更名为免疫学研究所。

在60余年的发展历程中，为本所的教学和学科建设作出卓越贡献的著名学者有：王文义、沈彤笙、王良明、刘文、梁大伟、车鸿德、邵明德、王佑民、王凤连、张澜生、赵紫绡、肖俊、李端芬、时立时、韩燕、倪贤珍、康菊珍、刘振英、张荫芝、徐凤霞、白润江、王效琪、兰中芬、赵进昌、尹少甫… …，经历几代科学家不懈努力，默默耕耘，几度春秋，在教学和科研上不断地走向成熟，取得了辉煌的科研与教学成绩，多项成果荣获省部级奖励。

免疫学研究所承担着全校医药学类专业包括临床医学、全科医学、检验医学、口腔医学、预防医学、麻醉学、中西医结合与临床、高等护理、药学、生物科学等专业的本科、硕士生、博士生和留学生的医学基础课医学免疫学、临床免疫学、临床免疫学检验技术、医学免疫学与微生物学、细胞与分子免疫学的教学任务。近年来承担校级教改课题3项，主编或参编病原生物学、医学免疫学、临床免疫学、医学免疫学实验技术、临床免疫学与检验、循证医学、病原生物学与免疫学、国家医师资格考试应试指导、病原生物学与免疫学实验教程、Practical Immunology for Medical Students等各类教材26部，公开发表教学改革论文20余篇，获甘肃省高等学校实验室工作先进集体，获省级教学成果奖3项，现有医学免疫学省级精品课程1门。

1981年11月国务院学位委员会批准病原生物学硕士点，并招收医学微生物学和免疫学方向硕士研究生。2003年9月国务院学位委员会批准免疫学硕士点，同年开始招收医学免疫学专业硕士研究生。近五年承担科技部、卫生部科技重大专项2项、国家自然科学基金项目3项，甘肃省自然科学基金项目2项，甘肃省中医药科研基金项目3项和10多项中央高校基本科研业务费专项资金项目。在国内外杂志发表科研论文百余篇，其中有30余篇被SCI/E收录。

研究所有普通显微镜、超低温冰箱、离心机、恒温箱、超净台等教学仪器和TC1825双层CO2孵箱、EF-4冷冻菌种干燥机、荧光显微镜、-20℃冰箱、酶联仪、PCR仪、凝胶成像系统、蛋白转印系统、蛋白纯化系统等常用仪器设备，具有细胞、分子水平的教学和科研条件，供本所师生进行科学研究，也向校内外师生开放，主要的科研方向：

1、感染与免疫：以结核分枝杆菌、幽门螺杆菌、人类免疫缺陷病毒等引起的人类重大感染性疾病为研究对象，对病原体与宿主之间的相互作用、机体免疫细胞和效应分子的活化和表达、免疫应答过程的信号传导、免疫反应的分子调控等方面进行理论和应用方面的研究。

2、肿瘤与免疫：免疫细胞与免疫分子参与到肿瘤发生、发展过程中，通过研究免疫系统与肿瘤的关系，揭示肿瘤的生物学过程和发展肿瘤的免疫学治疗方法。

3、中草药与免疫：利用新技术提取中草药（砂生槐、黄芪、红芪）的有效成分，研究中草药与免疫的关系，揭示中草药的作用机理以及进行中草药现代化，同时寻求高效低毒的抗肿瘤药物。

4、生殖与免疫：开展包括早期孕妇感染的筛查方法与防治对策研究；遗传病和孕期感染性疾病的产前诊断研究与评价；对妊娠免疫耐受分子机制的探讨，为优生优育提供有效的手段和措施。

研究所逐渐形成了一支以学识渊博、治学严谨的专家学者为核心的高素质科研教学队伍，全所现有兼职教授3人、翠英讲席教授1，专职教职工10名，其中教授3人（含退休1人）、博导1人、讲师5人、高级实验师1人、实验师1名，教师均获得博士学位。甘肃省医疗卫生中青年学术技术带头人1人，甘肃省青年教师成才奖获得者1人，全所教师均有成熟的、丰富的教学经验和科研能力，已成为甘肃省乃至西部地区医学免疫学教学、科研和服务社会的重要机构。