新药设计与合成研究所创建于2010年。现任所长陈凯先院士，副所长王锐教授。

  全所现有教职工7，其中教授3人。经过几年的快速发展，研究所逐渐形成了一支以学识渊博、治学严谨的专家学者为核心的高素质科研教学队伍，其中中国科学院院士1人，“长江学者奖励计划”特聘教授1人，国家杰出青年基金获得者1人，国家百千万人才工程入选者1人，新世纪优秀人才支持计划1人，“洪堡”学者1人。

  研究所围绕神经性疾病、肿瘤以及微生物感染等疾病的治疗，针对药物研究领域内的重大关键科学技术问题，开展创新药物的基础和应用研究。现主要研究方向有：

  1. 多肽药物化学。研究人体重要的内源性多肽与自主设计的多肽分子及其结构与功能之间的关系，并结合计算机辅助技术研发多肽候选药物。

  2. 手性药物化学。基于对手性先导化合物的结构和功能研究，设计、合成和筛选具有临床应用前景的手性候选药物。

  3. 多肽药物相关重大疾病的分子基础研究。以多肽分子为探针，研究生物活性肽在神经系统疾病、肿瘤和感染疾病治疗中的效果和作用机制，解析重大疾病的分子基础。

  4. 多肽载体的研究。发展靶向多肽载体用于药物运输，从而降低药物毒性、提高药物的选择性和治疗效果。

  5. 多肽药物与手性药物的研发中的产业化关键技术。研究所不断发展不对称合成策略，用于手性药物及非天然氨基酸的高效绿色合成，同时结合固相及液相多肽合成技术开发多肽药物。

  近几年，研究所承担了包括“重大新药创制”国家科技重大专项、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金重大研究计划培育项目和集成项目、973前期专项、863课题和国家自然科学基金面上项目等多个基金项目；获国家自然科学二等奖1项，省部级一等奖2项、药明康德生命化学杰出成就奖1项，中国药学会科学技术一等奖1项；在Chem. Rev.、Chem. Soc. Rev.、Med. Res. Rev.、J. Am. Chem. Soc.、Angew. Chem. Int. Ed.、J. Med. Chem.以及J. Biol. Chem.等著名杂志上发表论文110余篇，在国内外形成了一定的学术影响力。

  此外在注重基础研究的同时，研究所还面向国家重大战略需求，借鉴药物研发机构的先进经验，进一步提高创新药物研发能力。研究所正致力于构建药物合成平台、化合物样品库、药物筛选平台以及计算机辅助药物设计平台，同时进行资源的有效整合，为综合性创新药物大平台的建设奠定基础，从而加快多肽药物及手性药物的研发进程。